在冥想中，身体产生了何种变化？究竟是什么使练习冥想的人增进了生命力、效率、宁静、创造力及意志的集中？是什么减少了他们的精神压力？
为了解答这些重要的问题，科学家们从事了多项实验以研究冥想时人体所产生的生理变化。他们研究的结果虽然有限，但是却很有趣，且足以使那些仍认为冥想是“浪费时间”的人有深刻的印象。
研究结果表明，冥想时身体会发生以下的身体变化：
一、大脑发生了重大的生理生化活动
1924年，一名澳大利亚的精神病医师将电极放在人头部，发现可侦查到脑中的电流。之后又有人发现脑波测量法（EEC），这种方法可测出大脑的波动或脑波。
科学家发现当一个人以莲花坐姿坐着时，即使不静坐冥想，他的脑波也会立刻从β波变成a波，当熟练禅或瑜伽冥想的人静坐时，他们的脑波是连续的a波。
a波表示一种无焦虑、无紧张的状态。当一个人思考或忧虑、紧张时，他的脑波则大部分是β波，医学专家认为β波是产生生活环境病或癌症、精神病、失眠、神经症等疾病的原因之一。
这种转变，表示一个人的心灵变得较平静，全身肌肉变得放松，此时想象力、创造力与灵感便会源源不断地涌出，此外对于事物的判断力、理解力都会大幅提升，同时身心会呈现安定、愉快、心旷神怡的感觉。而体内的β-内啡肽、吗啡、多巴胺等激素的分泌反而越来越活跃，因此人体的免疫力会逐渐加强，对细菌的杀菌力和抵抗力也会提高。
当一个人做轻微冥想时，他的脑波会从β波转成a波。一般人在睡觉时才会有θ波产生，但在较深沉的冥想时，脑波大部分是θ波，且与潜意识心灵相关联。
当冥想变得更深沉时，θ波将会变成δ波。透过冥想的训练，头脑将被有系统地再造成为较健康、较协调的状态。科学的实验证明，冥想可减少沮丧、压力、冷漠、头痛、失眠和心不在焉，且能增加注意力及记忆力。自主神经系统（控制人体内部机能的部分神经）是与人脑的下视丘相连，它是由中脑的边缘系统所控制。冥想能影响一个人的中脑，并且稳定下视丘及人的情绪。
对瑜伽行者来说并无a波受干扰的习惯。当发出一个声音、光或疼痛的刺激时，他们的a韵律一点没有受干扰——瑜伽行者在冥想中对这些刺激全无反应：他丝毫都没有看见、听见或感觉到。
二、呼吸与新陈代谢
在平常的休闲时间，正常的呼吸率是每分钟16次，在冥想时呼吸率为4~6次，呼吸呈一种龟息状态。人体新陈代谢在冥想时甚至比基础新陈代谢率（正常休闲或睡觉时）更低。氧气消耗量减低20%（比睡眠时所需要少）。冥想是一种极深沉的休息状态，甚至比睡觉更为有效，在冥想中所有身体的活动均减速，身体不再需要大量氧气，因此呼吸可以减速。此外，肺以最高的效率工作，因此大量的精力都保存下来。
三、心跳减速
当冥想达到一种禅定的状态时全身放松，血压降低，心跳明显减慢，机体代谢随之降低，大脑及组织器官处于休息中，耗氧量减到最低的水平，是一种储蓄生命、延缓衰老的最佳方法。因此这是治疗高血压及心脏负荷过重的人的极有效方法。
四、肌肉、皮肤及神经放松，休息更好
经测定，冥想使肌肉及脑神经放松，全身血液流动量提高15~16倍，使各组织器官得到滋养，使脸部皮肤内层的水分充足、营养增加，给人一种容光焕发的美感。
实验显示出冥想比睡眠更能使身体休息。通常用以使心脏跳动、扩张肺部、拉动肌肉所需的大量精力现在都不需要了，从而可把精力提供给大脑，使人的心智在探究最高领域时运用。
