冥想是确保身体与精神两方面都受益的方法。当今世界，污染几乎无处不在，人们不仅承受着环境的各种污染，还承受着精神的污染，这两大污染都造成了人心的浮躁和烦恼，使人的身心备受折磨。环境的污染可以通过科学手段加以治理，身体的污染可以通过一些药物来治理（但这种治理也不是完全有效的），而精神的污染则要通过精神的方法来治理。无数人在冥想实践中发现，冥想是个强大的污染治理器，它可以从身心两方面来治理人所受到的污染，使人们身体健康精神愉悦，而且还对治理环境有间接的作用，因为当我们练习冥想时间长了，身体的各器官就会恢复到原有的健康敏感状态，这时候对环境的污染就特别敏感，就会从内心深处强烈地要求恢复原来良好的环境。
冥想能调节大脑神经，使处于压力下的大脑得到放松，培养一种满足和平静的情绪状态，促使人的精神放松、脑电波平静，并且能调节血压，能启动副交感神经系统，从而平息体内的躁动情绪，压力和紧张情绪得到释放，血液循环得以改善，身体荷尔蒙水平得以调节，因此，冥想者较一般人更容易达到平静而快乐的状态，内心更加平静和安宁，更少不良情绪，这又使冥想者更少可能患上那些由紧张和忧虑而引起的疾病。由于人的免疫系统是和人的心态紧密相连的，因此，瑜伽冥想可以说是最强有力的预防性医药。
1979年，美国马萨诸塞州州立大学的分子生物学家卡巴金博士首次将“精神集中放松法”运用于医学领域，对病人进行慢性疼痛、焦躁及情绪低落等症状的辅助治疗。此后，这种方式逐渐被推广到医疗、企业、专业运动及监狱等领域。
一些大脑神经系统专家利用复杂的成像技术做测试后得出结论：在深度冥想中，大脑如同身体一样会经历微妙的变化，冥想可以训练头脑，重新改造大脑机构；可以在大脑面对消沉、过度兴奋等精神层面的问题时，重建平衡。
许多医学及心理学专家的研究证明：冥想可预防冠心病、高血压、前列腺疾病，还可预防、降低或控制艾滋病、癌症等慢性疾病所产生的疼痛，经常练习瑜伽冥想的女性患乳腺癌的危险显著降低；冥想也是一种很好的辅助治疗手段，它还有助于抑郁症、反社会人格和注意力缺失综合征的治疗；可以加强内脏器官的功能，提高机体对疾病的自愈力，增强人体的免疫力，减轻疾病引起的生理痛苦，减轻心理生理性障碍，降低血压，提高呼吸系统的功能，缓冲疲劳，提神醒目，调节内分泌、减轻压力，减轻紧张和焦虑，清除脑子里所有分散精神的东西，包括紧张、不舒服、烦恼、疼痛和恐惧的根源，使练习者达到性情平和的状态。它还可增强放松能力，缓因压力而引起的多种病症，如胃病、冠心病、消化不良、肌肉紧张、疼痛等，治疗失眠，提高睡眠质量，增强记忆力和注意力，提高人集中精神、控制自身意识以及调节身心的能力，缓解更年期不适，延缓衰老，使人变得更年轻（推迟更年期的来临）、健康，增强智力和创造性思维能力，开发潜能，提高创造力。
长久的冥想能够产生更高的警觉、更有效的心智、更敏感的知觉，能够让练习者放弃那些对人体健康极具摧残力的坏习惯，如药物或酒精依赖者在接受冥想训练后，服用药物和酗酒的程度都显著下降，也不那么容易感到沮丧。经过冥想修炼的人会成为一个精神健康的人。在冥想时，会暂时远离现实世界的繁嚣，找回心灵深处的平静。在这过程中，不仅身体也得到了最大限度的放松，心灵得到了最大的安定，找回了身体的健康和平衡，而思维也提升到更高的层次上。
在这个世界上，我们每一个人都有自己的痛苦和快乐，但这种感受只会维持一段时间，并且只会在某种知觉的状态下才会感受到肉体上的痛苦和快乐，瑜伽先知认为，痛苦和快乐只能影响一个不认识其内在自我的人。一个经过冥想修炼的人可以从容地体验痛苦，将痛苦当作一种体验而不是折磨，在体验中上升到新的生活，并从中认识自我。亚洲宗教专家、英国考文垂大学的韩德教授（Alan Hunter）在四川人民出版社出版的中文版《瑜伽经》前言中提到：许多西方心理学家都会坦然承认：“如果一个病人想获得精神上的融合，我们只能将他交给瑜伽师或牧师。我们止步的地方，正是瑜伽起步的地方。”帕坦伽利告诉我们，瑜伽是心灵的艺术，在超越科学的地方，心莲绽放。
因此，现代医学和心理学界十分推崇冥想的作用，并试图进一步挖掘冥想在医学治疗和心理治疗方面的功用。
